Debian6をインストールしてもfedora同様rootでのログインが
禁止されていた。
とりあえずrootでログインできるように変更した。

・変更ファイル /etc/pam.d/gdm3

4行目に次のような記述があります。
auth  required    pam_succeed_if.so user != root quiet_success
この行をコメントアウトします。
#auth  required    pam_succeed_if.so user != root quiet_success

ログアウト後rootでログインできるはずです。